Cæsar og hans aper blir tvunget inn i en dødelig konflikt med en menneskehær ledet av en nådeløs oberst. Apene må tåle store tap og Cæsar blir tvunget til å lede dem på en mørk og mytisk jakt for å hevne sine egne. Når Cæsar og obersten endelig møtes blir de kastet inn i en episk kamp som til slutt vil avgjøre skjebnen til deres respektive raser og planetens fremtid.